Svenska Margaretakyrkan var en central svensk plats under ockupationen. Också människor med mer avlägsna band till Sverige välkomnades i församlingen och antalet medlemmar ökade från 6 000 till 18 000.
Kyrkan blev under kriget nav och uppsamlingsplats för Svenska Norgehjälpen och centrum för serveringen av soppa – svenskesuppen – till norska skolbarn. Men här föregick också annat motstånd. Kyrkoherde Axel Weebe, som var aktiv i biståndsverksamhet genom utdelning av mat och kläder, försökte även kartlägga situationen för norska fångar och transporterade mat till Grini. Weebe förmedlade en lista med två hundra namn till svenska Röda Korset, vilket fick stor betydelse för de vita bussarnas senare aktion.